1、纳税原则先分后税，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，先按照一定的比例和方法分配合伙企业的应纳税所得额，再按照分配的应纳税所得额进行纳税。
2、税种差异合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税；合伙人为合伙企业时，则向上穿透。
3、收益区分合伙企业对外投资分回的股息红利，不并入企业的收入，而应单独按“利息、股息、红利所得”应税项目计缴个人所得税。
4、亏损弥补有限合伙企业若有经营亏损，而企业合伙人本身生产经营有盈利的，不得用合伙企业的亏损来冲减本企业的盈利。
5、纳税税率理论上，自然人合伙人应按5%-35%五级超额累进税率计缴个人所得税，实践中很多地区按20%征收；对于法人和其它组织，适用25%的企业所得税率（实践中存在争议，部分地区免税，部分地区不免）。
6、纳税时点合伙企业当年的所得，无论是分配与否都要缴税，一般收益的个人所得税按年计算，分月或者分季预缴，股息红利类收益需在取得红利的次月十五日内申报个人所得税；法人合伙人应在合伙企业取得红利的当年，计入企业应纳税所得额，进行企业所得税年度申报。
7、纳税地点个人所得税的申报地为合伙企业实际经营管理所在地；居民企业以企业登记注册地为纳税地点。
8、税收优惠证券投资基金类合伙企业从新三板挂牌企业取得的股息红利所得，持股1个月-1年的减按50%计入应纳税所得额，超过1年的免征收个人所得税，其余合伙企业不免税。