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例如：个人通过合伙企业投资于上市公司以及挂牌公司取得的股息不能享受股息红利差别化税收待遇、合伙企业合伙企业转让上市公司以及挂牌公司股票所得不适用免征个人所得税政策。并且对企业合伙企业转让上市公司以及挂牌公司股票所得应当并入合伙企业的经营所得。

对于法人合伙人取得股息红利所得，企业所得税法实施条例第八十三条规定：“符合条件的居民企业之间的股息红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益”。而合伙企业不属于企业所得税法规定的纳税人，也不属于企业所得税法规范的居民企业，合伙企业的法人合伙人也并未直接投资分配股息红利的企业，因此，合伙企业对外股权投资分回的股息红利按合伙协议约定的分配比例分给法人合伙人时，法人合伙人取得此所得不能作为企业所得税的免税收入。

又如合伙企业从事农、林、牧、渔业项目所得，个人合伙人是可以享受免征个人所得税优惠。虽然企业所得税对居民企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可免征、减征企业所得税。但居民企业所投资的合伙企业虽然是从事农、林、牧、渔业项目，但并不能穿透享受企业所得税优惠。

但也有可以“穿透”适用税收优惠的情况：

1.有限合伙制企直接投资业初创科技型企业的优惠。根据《财政部、税务总局关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》(财税〔2018〕55号)的规定，有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于初创科技型企业满2年的，法人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣法人合伙人从合伙创投企业分得的所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。

同时规定：个人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣个人合伙人从合伙创投企业分得的经营所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。

2.有限合伙制创业投资未上市的中小高新技术企业。根据《国家税务总局关于有限合伙制创业投资企业法人合伙人企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第81号）的规定，自2015年10月1日起，全国范围内的有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业满2年（24个月）的，该有限合伙制创业投资企业的法人合伙人可按照其对未上市中小高新技术企业投资额的70%抵扣该法人合伙人从该有限合伙制创业投资企业分得的应纳税所得额，当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。

有限合伙制创业投资企业的法人合伙人对未上市中小高新技术企业的投资额，按照有限合伙制创业投资企业对中小高新技术企业的投资额和合伙协议约定的法人合伙人占有限合伙制创业投资企业的出资比例计算确定。

合伙企业实际分配不再缴纳个人所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。这里的“先分”不是将实现的所得实际分给合伙人，而是在合伙人之间分配应纳税所得额，并且所分配的生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润），即不论合伙企业是否分配或是否作出利润分配的决定，均在实现所得的当期缴纳个人所得税。

所以，合伙企业对实现的所得在缴纳个人所得税后实际收到利润时不再重复缴纳个人所得税。