目前计划的调整方案为：
在罗湖口岸和福田口岸纯旅检功能不变的情况下，保留深圳湾口岸货检功能，取消皇岗口岸、文锦渡口岸和沙头角口岸货检功能；
调整后，东部跨境货运车辆统一由莲塘口岸出入境，西部跨境货运车辆统一由深圳湾口岸出入境，即为跨境货运“东进东出、西进西出”。
客运方面， 2018年全年，经深圳口岸出入境人员2.52亿人次，日均69.0万人次，同比增长4.2%。据有关部门预测，未来跨界旅客总量会持续增长，约为现状的1.5—2.5倍；且将呈现深圳中西部地区的跨界旅客通关流量所占比例较高，高端的商务和就业出行的比例有所增加，跨界货运交通量稳中有降等趋势。
通关流量的进一步增加，给优化口岸布局方面提出了相应课题。
1要优化口岸功能，在口岸功能分工上做到差异化。比如福田口岸主要服务深圳市内客流，皇岗口岸主要服务城际客流，宝安机场口岸主打服务城际客流，深圳湾口岸侧重公路车辆的跨界运输；深圳湾车牌办理，FV车牌办理条件。
2要完善口岸布局，做好深圳西部地区新口岸的规划建设，此外要进一步提高深圳中部口岸的通关效率，主要是接入城际线，接入地铁，提高交通的纾解能力和服务水平；
3要预留口岸发展弹性。
激发口岸扩大通关能力
计划重建皇岗口岸及沙头角口岸联检楼
优化口岸布局，需要在侧重各口岸不同功能的基础上，做好现有口岸的升级改造以及新口岸的建设开通等，全面提升基础设施的建设水平，从而为大湾区建设提供优质、高效的口岸通关服务保障。