相比于公司制私募股权基金，有限合伙制私募股权基金最大的特征是有效避免了双重征税，其本质上还是合伙企业。国家层面先后涉及合伙企业税收的主要法规有：1、《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)；2、《财政部、国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》(财税[2000]91号)》；3、《国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知(国税函(2001)84号)》；4、《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知(财税[2008]159号)》(以下简称“159号文”)。
一、有限合伙基金层面税收
《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)主要规定为：其主要规定为：从2000年1月1日起停止对合伙企业征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。16号文在国家法规层面上，首次确立了合伙企业不征收企业所得税的原则。
《合伙企业法》第6条规定：“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定你给，由合伙人分别缴纳所得税。”
159号文第二条进一步规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
合伙企业因不具法人地位，不是独立的纳税单位，故在税法上无需缴纳所得税。合伙企业的所得或损失，全部传递到合伙人层面。通过上述规定可见，有限合伙制私募股权基金实行的是“先分后税”的原则，即在基金层面不需缴纳企业所得税，而是由基金的合伙人在取得分成收益时分别纳税，避免了公司制私募股权基金存在的“双重征税”问题。
二、合伙人层面征收所得税
有限合伙制私募股权基金本身并非所得税的纳税主体，因而有关其所得税问题主要考虑其投资人(即基金普通合伙人GP和有限合伙人LP)从基金取得收入时的税务处理。
在分析合伙人如何缴纳所得税时，应当注意区分合伙人取得收入的类型。合伙人取得收入的类型不同，适用的税目和税率也会不同。具体说来，有限合伙制私募股权基金的收入主要原则两大类：
（一）从被投资企业取得的股息、红利等权益性投资收益
在这种收入类型下，因合伙人的种类不同，在纳税上也有所差别。
1、合伙人为机构投资者的，应就该部分收入缴纳企业所得税。这也是159号文的直接规定，“合伙人是法人或其他组织的，缴纳企业所得税。”
但也有观点认为，根据合伙企业“透明体”的特点和税法原理，其收入在分配给合伙人时法律性质应当维持不变，因而机构投资者取得的该部分收入属于《企业所得税法》第二十六条第一款第(二)项所述的“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”，应当依据该条规定免征企业所得税。至少目前来看，这种观点很难在实践中行得通。
2、合伙人为个人投资者的，依据84号文规定——合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，这部分收入应当适用“利息、股息、红利”税目按照20%的税率计算缴纳个人所得税。
3、合伙人为合伙企业的，由该合伙企业自然人合伙人按照5-35%税率(比照个体工商户生产经营所得)缴纳个人所得税，或公司合伙人依法缴纳企业所得税。
（二）转让被投资企业股权取得的收益
在这种收入类型下，合伙人的纳税情况同样与合伙人种类有关。
1、合伙人为机构投资者的，应就这部分收入按照自身所得税率缴纳企业所得税。
2、合伙人为个人投资者的，按照91号文的规定，应当按照“个体工商户生产经营所得”税目适用5-35%超额累进税率计算缴纳个人所得税，但按照天津和北京等地方政策，则可以按照“财产转让所得”税目适用20%税率计算缴纳个人所得税。
3、合伙人为合伙企业的，由该合伙企业自然人合伙人按照5-35%税率(比照个体工商户生产经营所得)缴纳个人所得税，或公司合伙人依法缴纳企业所得税。
（三）部分地方法规规定
很多地方出台的地方法规，其实是不区分这两类收入类型的，并且在税率上有所突破。
1、天津市
天津市《促进股权投资基金业发展办法》规定：以有限合伙形式设立的合伙制股权投资基金中，自然人有限合伙人，依据国家有关规定，按照"利息、股息、红利所得"或"财产转让所得"项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得的所得能划分清楚时，对其中的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%。
应当说，天津的政策在84号文的基础上有一定的突破：即除利息、股息和红利等权益性投资收益外，合伙人因合伙企业转让其持有的被投资企业股权取得的收益亦可以按照“财产转让所得”税目征收个人所得税，税率适用20%。
2、北京市
北京市《关于促进股权投资基金业发展的意见》规定：合伙制股权基金和合伙制管理企业不作为所得税纳税主体，采取“先分后税”方式，由合伙人分别缴纳个人所得税或企业所得税;合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”税目征收个人所得税，税率为20%。北京的上述政策虽然从表述上与天津略有不同，但从实质上则基本完全一致，即合伙人(包括普通合伙人和有限合伙人)取得的股权投资收益及股权转让收益部分，均可以按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”税目适用20%税率计算征收个人所得税。
3、上海市
上海市2008年发布的《关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》规定，以有限合伙形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业的经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。其中，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益[2]，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“利息、股息、红利所得”应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。
相比之下，上海则略显保守，上述规定应该说完全是在前述国家政策的范围内做出的，没有任何突破。
三、基金管理人的税收
基管理人的收入类型主要是基金的管理费(通常为基金募资总额的1-2%)和收益分成(即carried interest，通常为基金增值部分的20%)。基金管理人一般采取公司制或合伙制的法律形式。基于节税的考虑，基金管理人亦通常设立为有限合伙的形式，但基金管理人无论是公司形式还是有限合伙形式，均须就其取得的管理费缴纳营业税。
基金管理人为公司的，应就其从基金取得的所有收入(包括管理费和收益分成)课征25%的企业所得税；基金管理人为合伙企业的，基金管理人不适用企业所得税，由其合伙人依法缴纳个人所得税或企业所得税。
对于收益分成的法律性质，是属于“服务收入”还是“投资收益”存在不同的理解和做法。为避免收益分成在基金管理人的账目上与管理费一视同仁被课以营业税，基金管理人在账目处理上必须十分清晰。
四、存在的问题及建议
（一）个人投资者税负过重
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》即91号文规定，合伙企业投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个人工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％－35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
据此规定，5万元以上的收入部分都要缴纳35％的所得税。个人投资者作为有限合伙人，虽然不实行双重征税，但实际上承担的税负仍然过重。如果是个人投资者作为普通合伙人的，普通合伙人再采取公司形式作管理人的，双重税负不可避免。尽管部分地方政府出台了统一适用20%税率的规定，但至少目前并未得到更高层面的认可，在短时间内不可能在全国范围内推行开来。
（二）无法享受税收优惠
根据《关于促进创业投资企业有关税收政策的通知》的规定，符合条件的公司制创业投资企业可按其投资额的70％抵扣应纳税所得额。但由于有限合伙制PE基金不是纳税主体，不需要缴纳所得税，因此，有限合伙制PE基金并不能享受此税收优惠政策。反观实践中，有限合伙制私募股权基金投资的很多对象也是中小高新技术企业，与享受税收优惠的公司制私募股权基金做的同样的事，政府部门不应厚此薄彼，区分对待，建议有关部门能够颁布针对有限合伙制PE基金的相关优惠政策，推动有限合伙制PE基金的进一步发展。
五、与公司制私募股权基金税收简单对比
（一）机构投资者
对机构投资者而言，如果投资一家有限合伙制私募股权基金，其通过基金从事创业投资的收益虽然无需在基金环节缴税，但必须在投资者环节缴税。如果投资一家公司型创业投资基金，其通过基金从事创业投资的收益虽然需要在基金环节缴税，但基金将税后收益分配给这类投资者时即可作为“免税收入”。可见，对这些有纳税义务的机构投资者而言，如果不考虑税收优惠因素，其投资于公司型基金或是合伙型基金的税负实际上是相当的。如果考虑到公司型创业投资基金可以享受所得税抵扣，投资者最终承担的税负反而会较低。因此，机构投资者更适合于投资公司制私募股权基金。
（二）个人投资者
对个人投资者而言，如果投资于有限合伙型创业投资基金，其从基金分得的利润如果在特定地区比如天津、北京等，能统一适用20%的税率，其税收优势还是比较明显的，相比于投资公司制私募股权基金承担40%的总税负，还是要划算得多。
如果个人投资者从有限合伙制基金分得的利润，按“工商经营所得”,征收5%-35%的个人所得税。虽然不存在重复征税的问题，但由于边际税率过高，年所得超过5万元即需按35%缴税，税收优势并不明显。 相比之下，当考虑到公司制基金能够在基金环节享受所得税抵扣因素后，个人投资者的实际税负，很可能低于投资于有限合伙型创业投资基金。
（三）其他投资者
这里的其他投资者，主要是指社保基金、企业年金之类的免税主体而言，由于投资于公司型创业投资企业可能多多少少需要承担一些税负（除非所投资创业基金申请到的应纳税所得抵扣额足够用于抵扣全部应纳税所得），从减轻税负的角度，按有限合伙制设立创业投资基金更加适合。